Cerca de 1.200 anos antes de Cristo sal e cinza foram usados nos campos para tornar inaptas para a agricultura campos produtivos conquistados por exércitos. A descrição, encontrada na Bíblia, é talvez o primeiro relato do uso de produtos químicos como herbicida não seletivo. Duzentos anos depois o poeta Homero registou a queima de enxofre nos lares dos gregos visando proteger a população contra a ação nociva de insetos. Os chineses, 900 anos depois de Cristo foram os pioneiros a usar empiricamente o produto químico arsênio para proteger espécies de plantas nos jardins, contra o ataque de insetos.
Relatos dos séculos XV e XVI constatam o uso empírico de, além de arsênio, mercúrio e chumbo no combate de pragas em plantações na Ásia e Europa. Somente no final do século XIX, com o uso do sal de cobre e cal para evitar roubos em plantações de uva na França, o botânico Pierre Millardet comprovou cientificamente a eficiência desses químicos como agrotóxico eficiente no combate à praga - fungo míldio das videiras. A indústria daí em diante passou a investir grandes quantidades de recursos financeiros, pesquisou, desenvolveu e registrou centenas de princípios ativos químicos para uso em lavouras com base em espécies de plantas de importância econômica - para grandes culturas tais como: trigo, arroz, milho, algodão e soja.
Governos em todo o mundo começaram a exigir registros desses agrotóxicos tardiamente, entre 1910 e 1940, com ênfase para as grandes culturas. Apenas nas décadas de 1950 a 1980, com o avanço das pesquisas em todas áreas agrícolas e a necessidade de inclusão de novas áreas de produção de alimentos básicos no mundo, que a necessidade de uso de agrotóxicos se intensificou, com aumento de 700% em alguns causos.
Atualmente no Brasil as pequenas culturas, também chamadas de "minor crops" ou CSFI (Cultivos com Suporte Fitossanitário Insuficiente) são importantíssimas para a manutenção da saúde humana, como por exemplo as culturas de legumes, frutas e hortaliças.
Porém, essas lavouras carecem de agrotóxicos específicos registrados para controle de pragas e doenças, nos padrões atuais requeridos por órgãos do governo e em parte, devido aos altos custos em realizar essas pesquisas específicas para o registro desses produtos. Sendo assim, quando ocorre o ataque de pragas nessas lavouras e agrotóxicos não registrados são usados pelos produtores os agricultores assumem o papel de vilões do agronegócio.
Um exemplo típico é: o produtor tem metas de produtividade, só que não tem o agrotóxico registrado para combater a praga ou doença que ataca a lavoura de morango. Porém, esse mesmo produto está registrado para praga similar na lavoura de soja. Para o agricultor não perder a lavoura de morango ele compra o produto legalmente, mas ao usar na plantação de morango, se torna ilegal, porque a empresa não registrou o produto para morango. A ANVISA (Agência Nacional de Vigilância Sanitária) poderá depois detectar o produto no morango e classificar o produto como não seguro por estar com o agrotóxico não registrado, gerando certa confusão. Isto porque em até 70% das amostragens realizadas em "minor crops", os limites de resíduos não estão acima do permitido.
Para dirimir essa confusão, um esforço iniciado pelos produtores brasileiros de maçã, no final da década de 90 foi coroado de êxito com o III Encontro Nacional sobre Registro de Agrotóxicos para CSFI, evento esse que aconteceu em 28/01/2015 na sede da CNA (Confederação da Agricultura e Pecuária do Brasil), em Brasília/DF. Estiveram presentes representantes das cadeias de agronegócio, associações e entidades do governo dos poderes executivo/judiciário, indústrias, produtores rurais e pesquisadores.
O objetivo principal desse evento foi unir todas essas entidades, modelos de simplificação de registros existentes para "minor crops" nos Estados Unidos da América, Canadá, Inglaterra e com resultados de pesquisas realizadas para praga alvo do Brasil, ao invés de registro para cada espécie de planta, usar grupos de plantas, aprimorar e simplificar o sistema de registro desses agrotóxicos- retirando assim o agricultor da ilegalidade involuntária.