Um sistema de produção agrícola deve ser sustentável. Antes de qualquer coisa, deve ter sustentabilidade econômica, o que permitirá investimentos para se conseguir sustentabilidade social e ambiental. Sistemas de produção como o de Integração Lavoura-Pecuária, ou mesmo Integração Lavoura-Pecuária-Floresta representam a evolução mais recente da agricultura.
Embora a utilização de maior número de espécies forrageiras se constitua numa evolução do sistema de produção em relação ao uso exclusivo da braquiária, com a diversificação, há necessidade de melhor qualidade de gerenciamento do que nos sistemas mais simples. Algumas vezes, a não adoção de algumas técnicas ou espécies em rotação se deve mais à deficiência de gerenciamento e (ou) máquinas do que ao clima, por exemplo. Um problema adicional é a instabilidade dos mercados e a falta de gerenciamento da comercialização. A falta de pessoas capacitadas para um bom gerenciamento do sistema tem sido um dos entraves ao seu desenvolvimento. Aliás, a falta de gente qualificada tem sido um obstáculo ao crescimento de diversas áreas de atividade no Brasil.
Um problema observado na maioria das propriedades que desenvolvem algum desses sistemas de produção agrícola é a dependência do uso de adubo nitrogenado. Mesmo com custo maior, o resultado econômico do uso de maiores doses de nitrogênio pode ser vantajoso. Uma fazenda que utilizaria num sistema convencional entre 60% a 80% dos seus recursos, passa a utilizar cerca de 90% a 95% de seus recursos num sistema integrado. Desta forma, um melhor entendimento da dinâmica de nitrogênio nos sistemas seria importante para tentar melhorá-lo.
Por outro lado, muitas propriedades, mesmo com alto nível tecnológico, ainda persistem procedimentos em que o mais básico da ciência agronômica é negligenciado. Por exemplo, apesar do volume de resultados mostrando a falta de resposta aos micronutrientes em diversas situações, o uso de zinco, manganês, boro, e por vezes outros micronutrientes, ainda é generalizado. A análise de solo para fins de fertilidade nem sempre é feita todos os anos, e raramente se encontra um resultado na profundidade de 20 cm a 40 cm, o que ajudaria no diagnóstico de, por exemplo, falta de enxofre. Mas, a quantidade de fertilizantes utilizada nem sempre leva em conta o resultado da análise de terra.
Assim, embora não existam mais dúvidas quanto à necessidade, utilidade e benefícios da adoção de sistemas de integrados da produção agrícola com rotação de culturas, se possível em semeadura direta e integração com pecuária e/ou florestas, sua adoção mais generalizada ainda depende muito da pesquisa e do ensino nesta área.